Ze verscheepten duizenden inheemsen, zowel vanuit de kustgebieden als vanuit streken ver landinwaarts, naar Europa en de West. De Portugezen waren ook verantwoordelijk voor de ondergang van de Swahiliculturen. Mombasa en Malindi waren rond 1500 geen vrienden van elkaar. Het waren allebei handelssteden en ze beconcurreerden elkaar op elk gebied. Het is dan ook niet verwonderlijk dat de Portugezen toen ze in 1505 onder aanvoering van Francisco d’Almeida Mombasa innamen, een bondgenoot vonden in het bestuur van Malindi. De invloed van de Portugezen leidde tot een economische teruggang en zelfs tot armoede langs de Keniaanse kust.

De goedflorerende handel met de Arabische landen werd door de Portugezen overgenomen en de inkomsten daaruit kwamen in Portugal terecht. De Portugezen regeerden met ijzeren hand en mede dankzij de strategische ligging van Fort Jesus in Mombasa en de grote hoeveelheid Portugezen die zich met de verdediging van de kust bezighielden lukte het lange tijd geen vijand om voet aan wal te krijgen langs de Keniaanse kust. Ondanks vele pogingen daartoe gelukte het de invloedrijke islam-sultans evenmin om de ‘heidense’ Portugezen tot de orde te roepen. Ze kregen echter steun van Turkse piraten die de route voor de handelsvloten via de Indische Oceaan onveilig maakten. Gezamenlijk riepen zij een ‘heilige oorlog’ uit tegen de Portugezen die poogden de bevolking te bekeren tot het christendom. Onder aanvoering van kaperkapitein Ali Bey werden de Portugezen uiteindelijk, na enkele mislukte pogingen, teruggedreven tot in Malindi, waarvan het bestuur nog steeds vriendschappelijke banden onderhield met de Portugezen.

De Portugezen kregen toen massale hulp vanuit Goa, maar ook het Zemba kannibalenvolk droeg z’n steentje bij en verorberde menige Turk. De Portugezen slaagden er ten slotte in Fort Jesus te heroveren. Pas in 1696 slaagde de imam van Oman, sultan Ibn Saif, er na een belegering van twee jaar in Fort Jesus definitief op de Portugezen te veroveren. Van de bijna 3000 aanwezige Portugezen overleefde slechts een handjevol de belegering die gepaard ging met voortdurende beschietingen, ziektes en honger. Aan de Portugese overheersing, die bijna 200 jaar geduurd had, was een einde gekomen.