Er zijn drie godsdiensten die duidelijk hun stempel op de religie in het land drukken. De christenen, onder te verdelen in rooms-katholiek en protestant (elk met 42%), vormen met 84% de grootste godsdienst (al heeft men er vaak een eigen betekenis aan gegeven). De islam wordt door bijna 14% aangehangen. Het overige deel van de bevolking hangt een inheemse godsdienst aan. Er zijn wat aanhangers van het hindoeïsme en in afgelegen gebieden kent men het animisme, vaak vermengd met een der andere godsdiensten. Die vermenging geldt onverkort voor de traditionele religies zoals die bijvoorbeeld door de Baganda werd beleefd. Door het uitwijzen van de Aziaten in 1972 heeft vooral de islam een geweldige teruggang gekend. Nu de terugkeer van deze, voor de economie zo belangrijke groep, sterk wordt gestimuleerd, neemt de islam weer in betekenis toe. Overigens, de islam wordt op een milde wijze beleden, fundamentalisme of fanatisme zijn in dit opzicht onbekende begrippen.