Een derde deel van dit eiland is aangewezen als het Nationale Park Iriomote. Het eiland is voor een groot deel bedekt met tropisch oerwoud. In dit tropische oerwoud leeft de zeer zeldzame Iriomotekat (Iriomote Wild Cat), die alleen nog op dit eiland voorkomt. Naar alle waarschijnlijkheid leven er in de jungle nog maar zestig exemplaren. De kans dat u een Iriomotekat in de natuur ontmoet, is klein. Het dier is zeer schuw en is bij uitstek een nachtelijk roofdier. Overdag vindt men alleen hun pootafdrukken in de verhitte bodem van het eiland. Tussen het eiland Iriomote en het eiland Ishigaki ligt een 20 km lang en 15 km breed koraalrif. De hier aanwezige koraalbanken zijn de grootste van Japan.