Halverwege de zestiende eeuw verplaatste de aartsbisschop van de Hongaarse stad Esztergom zijn zetel naar Trnava, omdat de Turken Boeda (de helft van Boedapest) bezet hadden. In de daaropvolgende 300 jaar was de stad het godsdienstige centrum van Hongarije. In die tijd groeide het aantal kerken en kloosters zodanig, dat Trnava nog steeds het Slowaakse Rome genoemd wordt.

In 1635 werd een universiteit met een theologische en filosofische faculteit gesticht. Een juridische en medische faculteit volgden kort daarna. Aan het eind van de achttiende eeuw verhuisde de universiteit naar Boeda en in 1820 keerde het bisdom naar Esztergom terug. Daarom verloor de stad op cultureel en wetenschappelijk gebied aan betekenis. Economisch gezien bleef Trnava echter groeien. De aanleg van de paardentrein die Trnava vanaf 1846 met Bratislava verbond, gaf extra impulsen aan de economische bloei van de stad. Niet lang daarna werd een suikerraffinaderij gebouwd.Tegenwoordig staat Trnava bekend om het bier en banket.

Rondom het oude centrum zijn nog resten van de imposante gotische stadsmuur te vinden. De stenen muur is in de dertiende en veertiende eeuw ter versterking van de oudere wallen aangebracht. In de zestiende eeuw werd de muur nogmaals versterkt, om de oprukkende Turken buiten te houden. In de muur zaten oorspronkelijk 4 grote toegangspoorten en wat kleinere deuren voor de voetgangers. Binnen de muur herinneren diverse gebouwen aan de tijd dat Trnava het religieuze centrum van Hongarije was. Het belangrijkste godshuis staat aan het plein Námestie sv. Mikuláša. Het betreft de dom die gewijd is aan de heilige Nicolaas (Dóm sv. Mikuláše). Deze kerk werd in 1380 op de overblijfselen van een Romaanse basiliek uit het begin van de dertiende eeuw neergezet. De ongewone torens, met twee op elkaar gestapelde koepels, steken fier de lucht in. De van oorsprong eenvoudige parochiekerk werd in 1526 tot kathedraal gepromoveerd, omdat de Hongaren na de slag bij Mohåcs gedwongen waren zich tot voorbij de Donau terug te trekken. In 1629 werden enkele barokke zijkapellen aan de kerk gebouwd. Aan het begin van de 18e eeuw ontwierp de beroemde bouwmeester Franz Anton Hillebrandt de centrale kapel.

Tegenover de kerk staat het aartsbisschoppelijk paleis dat in 1562 in de renaissancestijl werd opgetrokken. Het werd gebouwd als uitgeverij en drukkerij van kerkelijke boeken. Tegenwoordig is het de residentie van de Slowaakse aartsbisschop. In het Oláhseminarie, dat aan de andere kant van de Nicolaaskerk staat, is nu het museum van de boekdrukkunst gehuisvest. Mikuláš Oláh was een aartsbisschop. Op het plein staat een pestzuil met bovenop een beeld van Sint-Jozef en daaronder de pestheiligen.

Aan de straat Hollého staat nog een drietal voormalige seminaries; het algemene seminarie, het Mariaseminarie, waar jongens uit de lagere klassen onderwezen werden en het seminarie voor de edelen. Aangrenzend aan het universiteitsgebouw bevindt zich de Johannes de Doperkerk. Deze kerk uit 1629 was een van de eerste gebouwen in Slowakije waarin de vroege barok volledig werd toegepast. Het stucwerk in het rijke interieur is ontworpen door Italiaanse kunstenaars. Het houtsnijwerk en de schilderingen zijn gemaakt door meesters uit de streek. De synagoge heeft een oriëntaalse uitstraling. Het gebouw dateert uit de 19e eeuw. Voor de synagoge staat een monument, ter nagedachtenis aan de joden die in de Tweede Wereldoorlog zijn omgekomen.

Aan de westkant van het stadscentrum, vlak bij de stadspoort Bernolákova Brána staan de Franciscaanse kloosterkerk en het klooster, beide gewijd aan Sint-Jakob. De gebouwen dateren uit 1363 maar werden in de zeventiende eeuw in de barokke stijl verbouwd. De Evangelische kerk staat wat zuidelijker. Het - deels ronde - gebouw dateert uit 1923. Andere bouwwerken die zijn ontstaan door de bloei van het godsdienstige leven, zijn de veertiende-eeuwse Maria-Hemelvaartkerk en het voormalige Clarissenklooster. Dit laatstgenoemde gebouw herbergt tegenwoordig het West-Slowaakse Museum (Západoslovenské múzeum). Het museum bezit een etnografische verzameling en archeologische vondsten uit de omgeving. Ook zijn in het museum joodse voorwerpen te zien. De joden werden in de zestiende eeuw gedwongen Trnava te verlaten. De poort naar de toenmalige joodse wijk werd gebarricadeerd met grafstenen, die van joodse graven waren weggenomen. Het duurde tot in de negentiende eeuw voordat de joden druppelsgewijs naar Trnava terugkeerden.

Ook van de wereldlijke bouwkunst is nog het een en ander te vinden. In het oude centrum staan diverse fraaie patriciërshuizen. Aan het langgerekte marktplein staan een oude stadstoren en het stadhuis uit 1793. Op de gevel kunt u het wapen van de stad herkennen. Het stadstheater in empirestijl is het oudste theatergebouw in Slowakije (1831). Midden op het plein staat de Heilige Drievuldigheidszuil.

Het neoklassieke slot Dolná Krupá staat zo'n tien kilometer ten noorden van Trnava. Ludwig van Beethoven was hier een graag geziene gast. Er wordt wel gezegd dat hij hier de Mondscheinsonate gecomponeerd heeft. Nu dient het kasteel als Huis van de Slowaakse componisten. Het Beethovenpaviljoen in rococostijl in de tuin herbergt een verzameling muziekinstrumenten. Ook wordt er het een en ander verteld over Beethovens bezoeken aan het paleis.