Door de import van uitheemse planten- en diersoorten kregen inheemse soorten het moeilijk. De oorspronkelijke vegetatie raakte verstikt door ecologische vreemdelingen zoals de agressief groeiende Chinese guave en de privet. Vogels, herten en apen verspreidden het zaad van deze planten en het hele aanzien van het bos veranderde. Hoeveel endemische soorten er zijn verdwenen is niet bekend.

Op de Maskarenen komen nu nog ongeveer zevenhonderd soorten planten en bloemen voor die nergens anders op de wereld te vinden zijn. Meer dan driehonderd hiervan leven uitsluitend op Mauritius. Enkele hiervan zijn zeer zeldzaam geworden. Zo zijn van de nationale bloem van Mauritius, de Trochetia boutoniana of boucle d’oreille (letterlijk: oorring) nog maar een of twee exemplaren in het wild te vinden.

De flora en fauna van Mauritius zijn door de IUCN (World Conservation Union) aangewezen als een van de meest bedreigde in de wereld.