Ondertussen was Ashikaga Yoshimitsu, de kleinzoon van Ashikaga Takauji, shogun geworden. Hij vestigde zich in het jaar 1378 in het district Muromachi in Kyoto. In 1392 verenigde hij de beide keizerlijke hoven, waarop een periode van bloei aanbrak. Yoshimitsu bouwde in Kyoto onder andere het fraaie Gouden Paviljoen. Zijn opvolgers waren verantwoordelijk voor de bouw van het Zilveren Paviljoen en de aanleg van de beroemde rotstuin Ryoanji in Kyoto. De militaire heersers uit de familie Ashikaga beschermden op allerlei manieren de schone kunsten. Het Noh-theater, de kanoschilderkunst, de theeceremonie, het bloemschikken, de literatuur en de tuin- en landschapsarchitectuur kwamen volledig tot ontwikkeling. Voorts verrezen overal machtige kastelen, gekenmerkt door sierlijke torens (donjons). Veel van deze kastelen symboliseerden de macht van een nieuwe klasse van krijgsheren, de daimyo's, die over vrijwel autonome gebieden heersten. Vooral na het uitbreken van de Onin-burgeroorlog in 1467, in het gebied rondom Kyoto, versterkten de daimyo's hun macht. Een eeuw van elkaar snel opvolgende conflicten en burgeroorlogen volgde. Gedwongen door armoede en hongersnood sloten boeren en samoerai zich aaneen om zich te wapenen tegen de machtige en vaak wrede daymyo's. Boerenopstanden waren het gevolg. Ook de monniken vochten hun meningsverschillen, gevoed door de verschillende boeddhistische sekten, uit op het slagveld. In dit klimaat van wanorde en wetteloosheid slaagde een aantal kasteelsteden erin om zich, onder militaire bescherming van de plaatselijke daimyo, te ontwikkelen tot goed functionerende steden. Deze steden floreerden vooral dankzij hun goede handelscontacten met de omliggende regio. De invloed van de ambte-naren nam af en hun plaats werd ingenomen door kooplieden, handelaren en sakebrouwers. Ook de positie van de boeren die rondom de steden woonden, werd sterker. Dankzij verbeterde landbouwtechnieken verhoogden zij hun produktie. Het overschot aan landbouwprodukten verkochten zij op marktplaatsen bij de stad. De belangrijkste kasteelsteden in dit tijdperk waren Kyoto, Nara, Uji, Yamada, Naoetsu, Yamaguchi, Ichijodani en Odawara.

Spanjaarden in Japan

Het was in deze roerige periode dat de eerste Portugezen en Spanjaarden in 1543 voet aan wal zetten op Japanse bodem. Zij werden vriendelijk ontvangen, want hun komst opende nieuwe handelsmogelijkheden voor de daimyo's. In het kielzog van de Europese kooplieden kwamen de eerste jezuïtische missionarissen het land binnen onder aanvoering van de Franse jezuïet Franciscus Xavier (Xaverius), die in 1549 de haven van Kagoshima in Kyushu binnenvoer. Tegen het einde van het Ashikaga-tijdperk waren ongeveer 150.000 Japanners, voor het grootste deel inwoners van Kyushu, bekeerd tot het christendom.