Na de dood van Minamoto Yoritomo nam de familie van zijn vrouw Masako de macht in handen. Deze familie Hojo behield de macht tot het jaar 1333. Tijdens hun bewind werd de positie van de boeren verbeterd en konden ook gewone mensen toetreden tot het ambtenarenkorps. De belangrijkste klasse was de militaire klasse (de samoerai), een groep ridders vervuld van loyaliteit en absolute trouw aan hun heer. Niets mocht deze trouw aan de heer in de weg staan. Liever dan zich over te geven, pleegden ze met hun scherpe zwaarden zelfmoord (harakiri). De militairen volgden een ridderlijke levenswijze waarin mededogen en het beschermen van de zwakken belangrijke waarden waren. Het gevecht was voor een militair zeer belangrijk; daarbij de heldendood sterven, was het hoogst bereikbare. Geen wonder dat de samoerai zich aangetrokken voelden tot het zenboeddhisme. De geharde en sobere leefwijze van deze boeddhisten, het ontbreken van ingewikkelde leerstellingen, de gehoorzaamheid aan de zenmeesters en de onthechting aan het aardse leven spraken de samoerai zeer aan. Het zenboeddhisme werd rond 1202 in Japan geïntroduceerd door de priester Eisai, die na enkele studiereizen door China de leer naar Japan bracht (zie 'Godsdienst').

Kublai Khan op weg naar Japan

In 1274 trachtte Kublai Khan, de Mongoolse heerser over China, Japan te veroveren. Een vloot met 25.000 Mongoolse en Koreaanse krijgers verscheen in de Hakatabaai in Kyushu. Een hevige storm verwoestte echter ongeveer 200 Mongoolse schepen, met als gevolg dat de troe¬pen van Kublai Khan zonder het beoogde doel bereikt te hebben, terugkeerden naar het vasteland van Azië. Kublai Khan gaf de moed echter niet op; in 1281 stuurde hij twee legers naar Japan: vanuit Korea vertrokken circa 40.000 Mongoolse en Koreaanse krijgers, terwijl in China zo 'n 100.000 Zuidchinese krijgers aan boord van een oorlogsvloot stapten. Toen de reusachtige armada wederom in de Hakatabaai verscheen, keerden de elementen zich voor de tweede keer tegen de krijgers van Kublai Khan. Als door de goden gezonden, vernietigde een zware tyfoon de Mongoolse armada; men sprak daarom van de goddelijke wind (kamikaze). De Japanners voelden zich daardoor door de goden beschermd en een gevoel van nationale trots vervulde hun harten. De kosten van de verdedigingswerken en de oorlog met de Mongolen hadden echter zeer veel geld en inspanning gekost. Een niet te vermijden economische en politieke crisis volgde, een crisis die het einde van de familie Hojo inluidde. De militaire gouverneurs maakten van de gelegenheid gebruik om hun legers te versterken, waarmee zij een sterkere greep kregen op de hun toegewezen regio's. Keizer Go-Daigo rook zijn kansen: in het geheim sloot hij een verbond met een aantal ontevreden militaire leiders. In 1333 vielen zij de stad Kamakura binnen, waarop de familie Hojo en haar vazallen massaal zelfmoord pleegden.