De zoon van de eerste president Uhuru (vrijheid) Kenyatta stelde zich kandidaat namens de KANU. Hij was daartoe door Moi persoonlijk voorgedragen. Moi besefte dat zijn invloed sterk terugliep, zowel nationaal als internationaal. Bovendien regeerde hij al 24 jaar, aanmerkelijk langer dan grondwettelijk was toegestaan. Kibaki richtte de National Rainbow Coalition (NARC) op en wist zich veel aanhang te verwerven zowel in het land als in het parlement.

Op 27 december 2002 vonden de algemene verkiezingen plaats en wat niemand had verwacht gebeurde. Het volk ging massaal en vooral in grote rust naar de stembus. Er werden nauwelijks ongeregeldheden gemeld. De eraan voorafgaande campagne werd al een doorslaand succes voor Kibaki, hij speelde goed in op de veranderingen die het volk eiste, wakker geschud door dezelfde oppositie en door de internationale pers. Zelfs Kenyatta pleitte in zijn campagne voor veranderingen.

De uitslag van de verkiezingen was geen verrassing, alleen was de nederlaag voor de KANU meer dan verpletterend. Moi werd op de dag van de verkiezingen weggehoond door zijn vroegere aanhang en moest ijlings de beslotenheid van een helikopter opzoeken die hem voortijdig naar een van zijn buitenverblijven bracht. Een diner met de nieuwe president zegde hij af en hij kondigde aan zich bezig te gaan houden met de vrede in Afrika, te beginnen in de omringende landen. Of hij daarin zal slagen is zeer de vraag, de laatste grote slogan voor de verkiezingen luidde: ‘Alles kan zonder Moi’.

Intussen bleven tegenslagen Kibaki niet bespaard. Al tijdens de verkiezingscampagne verongelukte de auto waarin hij was gezeten op onverklaarbare wijze. De rest van de verkiezingscampagne voerde hij vanuit een rolstoel. Letsel aan armen, benen en nek noodzaakten hem zich, na zijn verkiezing, in een ziekenhuis te laten opnemen voor een aantal noodzakelijke operaties. Pas in februari 2003 kopten de kranten met een foto van een nog altijd zwaar gehavende president: ‘Kibaki loopt weer’.

Hij had het ziekenhuis nog niet verlaten toen in het westen van het land een vliegtuig neerstortte waarin een drietal van zijn ministers gezeten was. Een van hen kwam om het leven, de twee anderen raakten gewond. Het vliegtuig was zwaar overbeladen en had nooit toestemming mogen krijgen om op te stijgen. De geruchtenstroom kwam hierna uiteraard op gang en boze tongen, maar ook kranten, beweerden dat de KANU nog steeds meer macht uitoefende dan waartoe ze, blijkens de uitslag van de verkiezingen, gerechtigd zou zijn.

Het Keniaanse volk was echter opgetogen over de verkiezingsuitslag en er heerste een zeer opgewekte stemming in vrijwel het gehele land. Kibaki, zelf Kikuyu, dankte zijn overwinning vooral aan de steun van de leider van het bijna even machtige Luovolk: Raila Odinga. Kibaki kon zijn beloften van voor de verkiezingen niet waarmaken en er kwam veel oppositie, vooral van de zijde van Odinga.

De verkiezingen van eind 2007 werden een nek-aan-nekrace tussen beide politici welke werd gewonnen door Kibaki, althans naar eigen zeggen. Oppositie en internationale waarnemers spraken hun twijfels uit en de woorden: fraude en: stemmenvervalsing klonken alom. In het land brak een burgeroorlog uit. Pas in april 2008 keerde de rust weer nadat overeenstemming was bereikt over de vorming van een eenheidsregering met Kibaki als president en Odinga als premier.