Thuku kreeg een spreekverbod opgelegd en mocht geen politieke activiteiten meer ontwikkelen. Hij liet zich echter niet verbieden om de koloniale toestanden aan de kaak te stellen en de Britten zagen een groot gevaar ontstaan. De KCA werd in verband daarmee verboden en Harry Thuku werd gevangengezet. Medestanders probeerden hem te bevrijden wat tot een bloedbad leidde waarbij tientallen mensen omkwamen. Thuku werd daarop verbannen naar Kismayu en onder toezicht van de politie aldaar geplaatst. Pas in 1931 keerde hij terug, maar niet voordat hij beloofd had met de Britten samen te zullen werken.

De KCA kende nog een tegenstander: de kerk van Schotland, die in Kenia op uitgebreide schaal zendingswerk verrichtte en vrijwel als enige onderwijs aanbood. De kerk gelastte de Kikuyu om hun heidense gebruiken op te geven. Vooral de besnijdenis van vrouwen was de kerk een doorn in het oog. Degenen die dit ritueel niet wilden afschaffen werden van onderwijs uitgesloten. Dat leidde tot nieuw verzet onder de Kikuyu die door middel van hun krant Muiguithania deze maatregelen sterk bekritiseerden. De hoofdredacteur van de krant en actief lid van de KCA was Johnstone Kamau, bekend geworden als Jomo Kenyatta, de latere president van Kenia. Hij werd door deze organisatie in 1939 naar Groot-Brittannië gestuurd om daar te studeren en zou tot 1946, tot na de Tweede Wereldoorlog dus, in Londen blijven.

De Britten recruteerden zowel tijdens de Eerste als tijdens de Tweede Wereldoorlog soldaten in Kenia en dat was er de oorzaak van dat tienduizenden Kenianen getrainde soldaten waren. De oorlogen gingen als zodanig wel grotendeels aan Kenia voorbij maar in de Tweede Wereldoorlog vochten naar schatting zo’n 75.000 Kenianen aan Britse zijde tegen Japan in het Verre Oosten en in het buurland Ethiopië tegen Italië. Na hun terugkeer zetten ze de roep om zelfstandigheid kracht bij. Ze werden daarin gesteund door de na de Tweede Wereldoorlog opgerichte Verenigde Naties en wonderlijk genoeg vanuit Groot-Brittannië dat na de oorlog een socialistische regering kreeg. Omdat socialisme en kolonisatie niet samengaan werd besloten te gaan werken aan de zelfstandigheid van Kenia, zeer tegen de wil van de blanke grootgrondbezitters in het land die waar ze maar konden de verzelfstandiging tegenwerkten.