Het tweede voor de toerist belangrijke vliegveld is namelijk Wilson Airport, het grenst aan Jomo Kenyatta. Hier vertrekken alle binnenlandse vluchten. Dagelijks zijn er meerdere mogelijkheden om vanuit Nairobi naar Mombasa, Malindi of Kisumu te vliegen. Het vliegverkeer wordt uitgevoerd door Kenya Airways, ook KLM-vluchten worden, als gevolg van nauwe samenwerking tussen beide maatschappijen, door KA uitgevoerd. Het is dus mogelijk dat u met een KLM-ticket door KA vervoerd wordt (en omgekeerd). Behalve dat er lijndiensten vertrekken vanaf Wilson Airport kunt u er ook opstappen voor charters naar (de omgeving van) tal van nationale parken en wildreservaten.