Gozo is groener dan het hoofdeiland. Op Gozo is in het verleden minder kaalslag geweest waardoor niet alle vruchtbare grond is weggespoeld. Nu geldt Gozo als de ‘groentetuin’ en ‘boomgaard’ van de archipel. Doordat ook de natuurlijke waterbekkens op Gozo beter bereikbaar zijn dan op het hoofdeiland, kan er meerdere malen per jaar worden geoogst.

Malta’s nationale plant is de centauria spatulata, ofwel ‘oog van de zee’. De paarsblauwe bloemen die op veel plaatsen tussen de rotsen opduiken, zijn altijd naar de zee gericht.

Voor Malta’s fauna moet je niet op het land, maar onder water zijn. De archipel ligt in het minst vervuilde deel van de Middellandse Zee. Daardoor tref je hier vissoorten aan die elders allang verdwenen zijn, zoals het vlaggenbaarsje (Anthias anthias). Op veel plaatsen kun je meer dan 30 meter diep kijken. In de baaien rondom de eilanden leven o.a. zwaardvissen, zeebrasems, vliegende knorhanen, lipvissen en rifbaarsen. De St. Pieters- of zonnevis kom je er ook tegen.

Karakteristiek voor Malta is de Maltezer hond (of Maltezer leeuwtje). Het is een dwergras afgeleid van de keeshond. De invoer van honden op het eiland is sinds lang streng verboden. Daardoor is dit ras betrekkelijk zuiver gebleven. Het moet al ten minste 2800 jaar oud zijn, want dezelfde honden staan afgebeeld op vazen uit de tijd van de Antieken.