Niet alleen cultureel, maar ook geologisch heeft Malta altijd tot het Europese continent behoort. De zeestraat tussen Malta en Sicilië is ‘slechts’ 100 tot 125 meter diep, terwijl het zeegebied tussen de archipel en de Afrikaanse kust dieptes kent van meer dan 700 meter. Waarschijnlijk was Malta 250 duizend jaar geleden vanuit het huidige Italië nog over land bereikbaar.

De archipel bestaat voor het grootste deel uit zachte, globigerina kalkrotsen, gevormd gedurende miljoenen jaren afzetting van schelpdieren. De rotsen bereiken op het zuidwestelijk deel van het hoofdeiland hoogtes tot 258 meter; het hoogste plateau op Gozo ligt op 198 meter boven de zeespiegel.

In het zachte kalksteen hebben zee- en regenwater door de tijd heen imposante geologische formaties doen ontstaan die nu als toeristische trekpleister aan een nieuw leven zijn begonnen: de Dingli Cliffs aan de zuidwestkust van het hoofdeiland Malta, Blue Grotto op de zuidpunt, en Calypso Grotto op Gozo, waaraan bovendien de mythe is verbonden van de gelijknamige nimf die Odysseus hier in liefde zou hebben vastgehouden.