Jezus ontmoette in Capernaum de tollenaar Mattheüs. Mattheüs was een van de 12 apostelen die door Jezus werd geroepen. Zijn roeping wordt beschreven in het gelijknamige bijbelboek in het Nieuwe Testament, hoofdstuk 9:9: "Toen Jezus van daar verder ging, zag hij bij het tolhuis een man zitten die Mattheüs heette, en hij zei tegen hem: 'volg mij'." Hij wordt traditioneel gezien als de schrijver van het Evangelie naar Mattheüs. Ook andere apostelen werden volgens het Nieuwe Testament in Capernaum geboren, waaronder de broers Simon Petrus en Andreas, en de broers Jacobus en Johannes.

In de 7e eeuw verwoestte een moslimleger het stadje en sindsdien bleef het onbewoond. Het eerste onderzoek naar de ruïnes werd al in 1841 gedaan door Robinson, 53 jaar later gevolgd door G. Baldi die het terrein kocht. Vervolgens gaf G. Baldi de franciscanen toestemming om er een klooster te bouwen, er bomen te planten en het moeras droog te leggen. Sindsdien is er veel onderzoek verricht. Het opgravingsterrein (geopend: dagelijks van 8.30 tot 16.15 uur) ligt in de tuin van het klooster.

In 1976 begon men met de reconstructie van de synagoge. Dit is niet de synagoge waarin Jezus zijn leerlingen onderrichtte, want het gebouw stamt uit de 4e eeuw n. Chr. Het is wel mogelijk dat deze synagoge van kalksteen gebouwd is op de plaats waar de oorspronkelijke synagoge stond. De synagoge is gebouwd in Grieks-Romeinse stijl en heeft een grondvlak van 24 bij 19 m. Het middenschip werd gesteund door 16 zuilen, waarvan een aantal nog recht overeind staan.

In het huis van Petrus, gebouwd in de 1e eeuw v. Chr., heeft men in de 5e eeuw n. Chr. een mozaïekvloer gelegd in de kamer waarvan men aannam dat Jezus er tijdens zijn bezoeken aan het vissersdorp logeerde. Voorts bouwde men een achthoekige Byzantijnse kerk over het voormalige huis van Petrus. De kerk zweeft als het ware boven het huis van Petrus. Door de glazen vloer in het midden van de kerk heeft u zicht op de resten van het huis van Petrus. De vele fundamenten die u rondom de synagoge ziet liggen zijn van woonhuizen. Op het opgravingsterrein kunt u verder allerlei historische voorwerpen bezichtigen, zoals mozaïeken, bouwornamenten, zuilen met opschriften, een fries met een davidster, een afbeelding van een zevenarmige kandelaar, een oliepers en een graanmolen.

Eveneens bezienswaardig is de Grieks-Orthodoxe kerk. De witgekalkte kerk met zijn rode bolvormige daken bezit in zijn interieur fraaie schilderingen en iconen. Deze kerke ligt op een afstand van ongeveer 400 meter van de synagoge.