Helaas werd Noburaga vermoord en Toyotomi Hideyoshi werd de belangrijkste man van Japan. Hij stelde zich tot taak om het sterk verdeelde land tot een eenheid te smeden. Teneinde dit te bereiken, sloot Hideyoshi een verbond met de krijgsheer Tokugawa leyasu. Na 22 eeuwen van wanorde en verdeeldheid slaagde Hideyoshi er in 1590 in om geheel Japan in zijn macht te krijgen. Hideyoshi had een heel andere mening over het christendom dan zijn voorganger Noburaga. Hij beschouwde de christenen als de voorboden van naar uitbreiding zoekende Europese mogendheden. Hij gebood alle christelijke missionarissen Japan te verlaten en vanaf dat moment zouden vele christenen vervolgd en terechtgesteld worden. In zijn binnenlandse politiek vestigde hij een nieuwe onwrikbare sociale orde: krijgslieden en boeren werden gescheiden. Zijn buitenlandse politiek was minder succesvol. Hideyoshi had grote politieke ambities, hij wilde namelijk heel Oost-Azië veroveren. Tweemaal, in 1592 en 1597, zond hij een slagvaardig invasieleger naar Korea; evenzovele malen werd zijn leger krachtig teruggeslagen door de Chinezen. Hideyoshi overleefde de teleurstelling niet. Zijn vijfjarige zoon Hideyori was zijn officiële opvolger, maar in de praktijk werd Tokugawa leyasu de machtigste man. Na een hevige veldslag bij Sekigara vernietigde Tokugawa leyasu zijn mededingers naar de macht en in 1603 vestigde hij zijn miltaire bewind in Edo, het huidige Tokyo.

De Hollanders arriveren in Japan met het schip `de Liefde'

Tijdens deze machtsomwenteling kwamen de eerste Hollanders en engelsen in Japan aan. De eerste ontmoeting tussen Hollanders en Japanners vond plaats in 1600, toen het Rotterdamse schip 'de Liefde' in Japan arriveerde. Er was weinig bekend over Japan. De mensen aten er met stokjes en dronken bekers warm water met kruiden (thee), meer kon er niet verteld worden. Op hun beurt werden de Hollanders in Japan aangeduid als roodharige vreemdelingen. Toch werd het juist de Hollanders als enige westerlingen toegestaan om ook in het Tokugawa-tijdperk (na 1639) handel te drijven met Japan.