Het land wordt doorsneden door de evenaar. Hooggebergte, waarop eeuwige sneeuw, nodigen bergwandelaars uit tot prachtige tochten. Het hoogste punt van Uganda, 5110 meter, is de Margheritapiek, het topje van Mount Stanley. Deze maakt deel uit van het Rwenzori gebergte, gevormd door de westelijke uitloper van de Great Rift Valley. Dat dit gebergte in het verleden van Arabische handelaren de naam ‘bergen van de maan’ kreeg, vertelt iets over de structuur van dit niet-vulkanische gebergte. In de directe nabijheid ligt het Kigezi gebergte, beter bekend als ‘het Zwitserland van Afrika’, met een fors aantal bergen die hoger zijn dan 2000 meter. In het oosten van Uganda is de invloed van de andere uitloper van de Afrikaanse slenk merkbaar. Vooral de omgeving van Mount Elgon, met als hoogste top de 4321 meter hoge Wagagai, wordt door veel toeristen bezocht.

De Great Rift Valley vindt zijn oorsprong in Turkije en loopt via de Dode Zee en de Rode Zee naar Ethiopië waar deze zich splitst in een oostelijk en een westelijk gedeelte. Het oostelijke gedeelte loopt via Kenia en Tanzania. De westelijke arm buigt zich via Uganda weer terug naar Tanzania. Lake Albert, Lake George en Lake Edward zijn ontstaan als gevolg van tal van aardbewegingen. De grote hoogteverschillen veroorzaken klimaatverschillen hetgeen weer directe invloed heeft op de flora en fauna van het land. Lake Victoria is met een oppervlakte van 68.800 km2 na het Titicacameer in Zuid-Amerika (8.135 km2) het grootste zoetwaterbekken ter wereld en is mede verantwoordelijk voor de overvloedige regenval die het land zo vruchtbaar maakt.

Uganda wordt doorsneden door vele rivieren, waarvan de Nijl (in Uganda Victoria Nijl genoemd) ongetwijfeld de bekendste is. Deze rivieren maken grote delen van het land tot een vruchtbaar gebied en het is dan ook geen wonder dat de landbouw het belangrijkste bestaansmiddel is. Ook veeteelt is van groot belang en door veel boeren worden die twee activiteiten gecombineerd. Meer dan 85% van de bevolking leeft op het platteland, waarvan weer 80% van het boerenbedrijf bestaat. De rivieren, soms met een groot verval, leveren ook een belangrijke bijdrage aan de energievoorziening. In Centraal-Uganda, met name waar de Nijl Lake Kyoga doorsnijdt, komen veel moerassen voor, maar ook de omgeving van Entebbe is daarmee rijkelijk bedeeld. De aanwezigheid van water vormt echter ook een voedingsbron voor de tseetseevlieg die door zijn aanwezigheid het houden van vee op die plaatsen onmogelijk maakt, waardoor er weinig mensen wonen.

Uganda bezit een rijke verscheidenheid aan nationale parken en wildreservaten. Het Murchison Falls n.p. en het Queen Elizabeth n.p. zijn de bekendste, de meeste toeristen bezoeken ten minste een van deze parken. Ook de minder bekende parken zijn een bezoek waard. Doordat het toerisme nog geen grote vlucht genomen heeft vindt u uitgestrekte gebieden waar de natuur het nog steeds voor het zeggen heeft.

Ook ónder de grond is Uganda interessant. Er zijn vindplaatsen van goud, koper, tin, wolfram, bismut en edelstenen. Verder zijn er belangrijke kalksteengroeven.