Bij terugkomst werd hij onderminister van het ministerie van Arbeid. In 1943 propageerde hij zijn ideeën via zijn ministerie. Hij wist waar hij zijn aanhangers moest vinden: onder de nieuwe generatie van Spaanse en Italiaanse immigranten, de havenarbeiders en op het platteland onder de landarbeiders. Perón drong zich steeds meer op de voorgrond als leider van de natie en werd in 1944 zelfs vice-president. De militaire top voelde zich bedreigd door zijn populariteit, maar ook internationaal groeide het verzet tegen Perón. Op 9 oktober werd hij ontheven van zijn functie en gearresteerd. Dit hoorde een jonge radio-omroepster, Eva Duarte, die een vurige Perón-aanhanger was. Via haar radio-uitzendingen riep ze het volk op om te protesteren tegen deze arrestatie. Honderdduizenden mensen verzamelden zich in Buenos Aires op Plaza de Mayo, op 17 oktober 1945 voor het presidentiële gebouw, Casa Rosada. Onder bedreiging van laagvliegende straaljagers van de militaire junta riepen zij Perón terug. De vakbond CGT kondigde meteen een grote staking af en onder deze machtige druk werd hij vrijgelaten. Perón werd in 1946 president en trouwde met deze radio-omroepster, die van nu af als Evita Perón de machtigste vrouw van het land werd. Een jaar later richt hij de Partido Justicialista op, de peronistische partij. De ideologie van deze partij is gebaseerd op justicialismo (rechtvaardigheid), wat globaal inhield: gerechtigheid, nationalisme, welvaart en vooruitgang. Tot op heden nog heeft het peronisme een enorme invloed op het politieke en economische leven van Argentinië gehad.

De aanhangers van Perón werden descamisado’s (de hemdlozen) genoemd en zouden zijn steunpilaren worden, maar ook de sociale instellingen (voor de armen, wezen, weduwen en invaliden) die door Evita Perón werden geleid. Na de oorlog ging het Argentinië voor de wind en Perón stelde naar het voorbeeld van Italië goede sociale wetten voor de arbeiders op. Hij willigde de beloftes van de vakbonden in en nationaliseerde alle grote belangrijke internationale bedrijven. Zijn ambitieuze plan tot hervorming van de verouderde industrie werd een succes. Binnen enkele jaren vervijfvoudigde de productie (de lonen waren zelfs met 60% gestegen!). Oppositie duldde Perón vrijwel niet, want onafhankelijke kranten zoals La Nacion en La Prensa werden onder staatstoezicht gesteld, zo ook internationale persbureaus en enkele Amerikaanse banken. Er kwam een nieuwe grondwet, die de regering de mogelijkheid bood makkelijk te kunnen optreden tegen de oppositie. Ook de katholieke kerk moest het ontgelden, godsdienstonderwijs op de openbare scholen werd afgeschaft, kerk en staat werden officieel gescheiden en echtscheiding werd gelegaliseerd. Maar het hoogtepunt van het conflict was, dat de bordelen weer open mochten!

In 1951 werd Perón met 67% van de stemmen opnieuw herkozen. Toch waren de eerste donkere wolken boven het Argentijnse paradijs al verschenen, maar zolang iedere familie twee keer per dag een goede biefstuk kon eten, waren er openlijk geen problemen. Door droogte en ook doordat de internationale graanprijzen 50% daalden, verloor Argentinië veel inkomsten (hierdoor waren de lonen met 25% gedaald). Daarbij kwam ook de dood van Evita, de madonna van Amerika, in 1952 als een grote slag. Het ging snel bergafwaarts met de economie en de oppositie tegen Perón werd heftiger. Stakingen en protesten volgden elkaar snel op en in 1955 besloot Perón af te treden. De vakbeweging drong aan op zijn aanblijven, maar de druk van het leger, de kerk en de machtige elite dwong hem te vluchten naar Paraguay. Van daaruit ging hij als banneling naar Spanje.