In november 1978 werd hij tijdens algemene verkiezingen officieel tot president gekozen, zowel van het land als van de partij. De zittende minister van financiën Mwai Kibaki, werd tot vice-president gekozen. De verkiezingen hadden al een jaar eerder moeten plaatsvinden, maar uit respect voor Kenyatta, die toen al zwaar ziek was, werden de verkiezingen uitgesteld. In het belang van de nationale eenheid werden alle organisaties die gericht waren op de belangen van een bepaalde groepering of van een bepaald volk opgeheven en verboden. In 1981 werd Moi, tijdens een bijeenkomst van de OAU, de Organization of African Unity (Organisatie van Afrikaanse eenheid) tot voorzitter gekozen. Zijn aanzien was groot, vooral in het buitenland.

In het binnenland veranderde er weinig. Onlusten in verband met een hongersnood in het noorden van het land werden met geweld de kop ingedrukt. Dat gebeurde ook met ieder die zich inliet met de staatsgreep in augustus 1982, opgezet door studenten en jonge officieren van de luchtmacht. Mede als gevolg daarvan werd de luchtmachtorganisatie drastisch gewijzigd en kreeg een nieuwe naam: ’82 Air Force. De leiders werden gevangengenomen en ter dood veroordeeld. De meesten van hen kregen overigens later gratie.

Dat gebeurde ook in 1984 met Charles Njonjo, minister voor grondwettelijke aangelegenheden en als zodanig lid van Moi’s kabinet. Hij werd op 12 december 1984 schuldig bevonden aan corruptie, illegale wapenhandel en hulp bij een poging tot het omverwerpen van de regering van de Seychellen. Hoewel hem gratie werd verleend keerde hij niet terug in de politieke arena.

In 1983 werden ook, een jaar later dan volgens de grondwet werd aangegeven, verkiezingen gehouden. Moi was hier geen voorstander van, de uitslag stond voor wat hem betreft vooraf vast en hij werd dan ook met grote meerderheid herbenoemd. In 1987 werden in Kenia de vierde Afrikaanse spelen georganiseerd. Ter gelegenheid daarvan werd het 80.000 plaatsen tellende, door China gefinancierde en met Chinese hulp gebouwde Moi-stadion in gebruik genomen. Moi was mateloos populair: hij gaf het volk spelen en aanzien.

Een in 1988 geïntroduceerd nieuw verkiezingssysteem dat het vrijwel onmogelijk maakte om oppositie te voeren tegen de KANU was maar een kort leven beschoren, maar accentueerde de politieke richting die Moi voorstond. Inmiddels kwam onder Moi’s leiding ook veel goeds tot stand. Het land werd zodanig herverdeeld dat er sprake was van evenwichtigheid. Het toerisme groeide als nooit tevoren. Bezochten in het jaar waarin de onafhankelijkheid tot stand kwam nog minder dan 100.000 toeristen het land, 25 jaar later was dit aantal gegroeid tot 750.000. Het toerisme was daarmee een van de belangrijkste economische pijlers geworden. Koffie- en theeplantages werden in hoog tempo aangelegd en werden Kenia’s belangrijkste landbouwproduct. Experts noemen de Keniaanse koffie de beste ter wereld.

De grootste vooruitgang werd echter geboekt op het gebied van onderwijs en sociale zaken. Het onderwijs werd in hoog tempo geïntensiveerd en er werden basisscholen gebouwd tot in de verste uithoeken van het land. Het onderwijs werd gratis en dus toegankelijk voor alle kinderen. Er werd gratis schoolmelk verstrekt. Het aantal leerlingen dat in staat werd gesteld onderwijs te volgen groeide tot meer dan vijf miljoen, het onderwijzersaantal verzesvoudigde. Het aantal middelbare scholen vertwaalfvoudigde zelfs binnen 25 jaar. Ook op het gebied van de gezondheidszorg maakte Kenia een geweldige groei door. Ziekenhuizen en klinieken verrezen op vele plaatsen in het land. In Kenia beschikt men thans over meer dan 30.000 bedden in ruim 2000 van deze instellingen verspreid over het gehele land. De gezondheidszorg werd gratis verstrekt en het aantal werkers in deze tak van dienstverlening groeide van 4000 in 1963 tot 30.000 in 1989.

Behalve dat er een enorme vooruitgang op allerlei gebieden viel waar te nemen groeide de welvaart in minder hoog tempo. Dat had alles te maken met de explosieve bevolkingsaanwas. Niettemin was er sprake van grote tevredenheid over de vooruitgang hetgeen uitgebreid werd gememoreerd tijdens de viering van het 30-jarig onafhankelijkheidsfeest in 1993. Ook de democratie werd bejubeld, regelmatig werden er algemene verkiezingen gehouden, dus wat wilde men nog meer? Misschien een meerpartijenstelsel? De controle op de overheid zou daardoor aanmerkelijk kunnen worden verbeterd. In 1982 was in Kenia een eenpartijstelsel officieel ingevoerd.

Voor de verkiezingen in 1992 werden oppositiepartijen tot de deelname daaraan toegelaten, vooral onder druk van het buitenland waar men toch wat ongerust begon te worden over de besteding van de gelden die men beschikbaar stelde. Deze verkiezingen werden onverwacht aangekondigd in oktober 1992, de verkiezingsdatum werd bepaald op 27 december. Dat gaf de oppositie, die er wel degelijk was, uiteraard te weinig tijd om zich te verenigen en de verdeeldheid was dan ook nog te groot om een vuist te kunnen maken. Het resultaat was voorspelbaar: de KANU-partij werd opnieuw voor vijf jaar alleenheerser. Ook bij de volgende verkiezingen in 1998 bleef Moi met gemak in het zadel.