Niet minder dan 44 plantensoorten genieten speciale bescherming, evenals de alleen in de Kroatische kustwateren voorkomende penschelp. Bescherming genieten verder 6 soorten vlinders, 322 vogelsoorten, een zeldzame bosmier, 35 zoogdieren, waarvan maar liefst 29 vleermuissoorten en verder nog diverse kikkers, reptielen en slakken. U kunt wel ongeveer nagaan hoe rijk de verscheidenheid aan planten en dieren is, dit zijn alleen nog maar de beschermde soorten.

In totaal zijn er meer dan 4.300 soorten planten en zijn er 278 soorten bomen en struiken geteld. De nationale parken, waarover elders meer, herbergen zoveel bewoners dat je letterlijk ogen en oren tekort komt. In een land met zo'n grote verscheidenheid aan biotopen is het vanzelfsprekend dat er ook een geweldige verscheidenheid is in flora en fauna.

De zee kent honderden verschillende bewoners, waarbij niet alleen de grote variatie aan kleinere vissoorten opvalt. Duikers zwemmen soms oog in oog met haaien, maar ook voor sponsenduikers en koraalzoekers is het water een ideaal oord. Overigens, koraal wordt ook steeds zeldzamer, maar liefhebbers vinden het nog rond het eiland Zlarin. Op dit eiland (voor de kust nabij Šibenik) bevindt zich een koraalmuseum. Vanaf het eiland zijn nog steeds koraalvissers actief, maar dit is uiteraard aan zeer strenge regels gebonden. Toeristen mogen geen koraal opduiken, de straffen zijn niet mals!
Hoewel sponsen langs de gehele kust te vinden zijn, komen de meeste in dezelfde omgeving voor, namelijk op het iets lagergelegen eiland Krapanj.

Voor de zuidoostelijke kust komen op onbewoonde eilanden nog pelsrobben voor, maar het is een uitzondering dat men ze te zien krijgt. De kans is groter dat u dolfijnen ontmoet. Rond het schiereiland Pelješac, noordoostelijk van Dubrovnik, vindt op grote schaal mosselteelt plaats.

Het vogelleven is, eveneens als gevolg van de eerdergenoemde omstandigheden, zeer rijk te noemen. Watervogels, weidevogels, zang- en roofvogels, u noemt het maar, ze zijn in Kroatië te vinden. Er is op het eiland Mjlet zelfs gebruik van vogels gemaakt om de grote hoeveelheid slangen in te dammen. Rond het begin van deze eeuw bracht men daartoe de slangenhalsvogel naar het eiland, die het er geweldig goed deed. Zo goed dat de slangenpopulatie vrijwel uitgeroeid werd en de vogel zich toe ging leggen op de jacht op andere kleine dieren die voor de fauna van het eiland van grote betekenis waren. Ingrijpen in de natuur kan dus ook zijn nadelige kanten hebben. Kroatië is niet voor niets een geliefd land bij de jagers uit vele omringende landen. Behalve op beschermde diersoorten, is de jacht (onder strikt toezicht) geopend op wilde zwijnen, diverse hertensoorten, vossen, hazen, fazanten en… beren! Waar mensen zijn, schijnt de natuur in veel gevallen te moeten wijken.

Als gevolg van het ondoordacht kappen van bomen en struiken, nodig als bouwmateriaal en voor het stoken van vuren, is veel groen verdwenen. De kastanje wordt al vroeg in de zomer bruin, ook die is langzamerhand aan het verdwijnen. Dát heeft echter niets te maken met wanbeheer, in Zuid-Europa heerst een bomenziekte waar kastanjebomen gevoelig voor zijn. Andere bomen waarvan er vroeger duizenden in het land voorkwamen, zoals bijvoorbeeld de steeneik, zijn nagenoeg uit het landschap verdwenen.

Tegenwoordig gaat men zorgvuldiger te werk en er zijn nog vele honderden soorten bomen (wie aan Kroatië denkt ziet tenminste een cipres voor zijn geestesoog), bloemen en planten te bewonderen. De agave is ook al zo'n plant die niet meer weg te denken is. Toch is het geen product van het land, maar indertijd uit Midden-Amerika ingevoerd. Natuurlijk vallen de olijfbomen op en wat lager bij de grond de brem, oleander en lavendel. Het rijkst is het plantenleven echter in de bergen.

Bloemen leggen in de zomer een kleurig tapijt over de bergweiden. Er bloeien veel beschermde soorten waaronder orchideeën, edelweiss en gentianen. In de laagvlakten gebruikt men de vruchtbare aarde voor land- en tuinbouw. Het is een vreemde gewaarwording om aardappelen en rietsuiker naast elkaar te zien groeien of boerenkool naast tabak.

Overigens, sinds de Romeinse tijd worden er al wijnen verbouwd in het land. Waarmee maar gezegd wil zijn: u heeft nu een uiterst globale indruk van de flora en fauna van Kroatië.