De afwijkingen in de hoeveelheid regen die er valt zijn aanmerkelijk groter. In het zuiden valt per jaar ongeveer 750 mm regen, de omgeving van Lake Victoria en de berggebieden krijgen per jaar ruim 2000 mm te verwerken. Ook is er een verschil waarneembaar tussen de seizoenen. In het zuiden zijn er duidelijk twee regenperiodes: maart-mei en september-november. In het noorden is er eigenlijk slechts sprake van één regenseizoen tussen april en oktober. In het noordoosten van het land is het aanmerkelijk droger, de regen bereikt Uganda slechts ten dele, de meeste regen blijft achter in de hooggelegen gebieden van Somalië en Kenia. Het regenseizoen in dit gebied is korter (april-augustus), maar zelfs in juni komt het voor dat er weinig regen valt. Voor het gehele land geldt dat de meeste regen in de middag en avond valt, ook weer gemiddeld gesproken. In het westen gaat de regen soms gepaard met zwaar onweer, terwijl men er evenmin onbekend is met het verschijnsel hagel. In gebieden waar men twee regenperiodes kent wordt ook tweemaal per jaar geoogst.

Gedurende de regentijd zijn de onverharde wegen nauwelijks begaanbaar. Als u toch van deze wegen gebruik wilt maken, en het is zeker de moeite waard, de natuur is dan op haar mooist, dient u te beschikken over een 4WD en zelfs dan moet u er rekening mee houden dat niet elke plaats bereikbaar is. Ondanks de regen schijnt vrijwel dagelijks de zon.

Voor de actuele situatie van het weer kunt u een kijkje nemen op de website www.weeronline.nl. Via Wereldweer en Afrika kunt u doorklikken naar Uganda.