In feite zijn de eilanden toppen van grote onderaardse vulkanische bergketens. Tussen de eilanden liggen diepe troggen, tot 3500 meter diepte (tussen Tenerife en La Palma). De eilanden ontstonden in verschillende periodes van vulkanische activiteit waarbij Fuerteventura verreweg het oudste is. Het oudste materiaal dat er gevonden is, omhooggestuwd vanaf de zeebodem, dateert van circa honderd miljoen jaar geleden terwijl het centrale bergland tussen de dertig en tachtig miljoen jaar oud is.

Recentere vulkanische erupties gaven de Canarische eilanden hun huidige aanzien. Stranden en duinen kregen vorm door aanvoer van maritiem materiaal en het dalen en stijgen van de zeespiegel. Deze ontwikkelingsgeschiedenis is op Fuerteventura op verschillende plaatsen goed zichtbaar. Aan de westkust bijvoorbeeld zijn de verschillende zeeniveaus van oude tijdperken duidelijk vastgelegd in de kliffen. Donker vulkanisch gesteente wordt daar afgewisseld door lichtere kalkzandlagen. In het noordwesten en aan de oostkust liggen de jongste delen van Fuerteventura, de malpaís, bedekt met opgeworpen lavabrokken, van lichtgrijs tot diepzwart. Nu zijn alle vulkaankraters gedoofd al geloven de eilandbewoners dat sommige slechts slapen.