Dat lukte uiteindelijk in 1941. Althans wat betreft het vasteland. Kreta kon bijvoorbeeld pas ingenomen worden na een gigantische luchtlandingsoperatie: De slag om Kreta. De plaatselijke bevolking, vrouwen en kinderen incluis, vochten met messen en jachtgeweren mee met de geallieerde troepen tegen de Duitsers, maar het mocht niet baten. Er vielen heel veel slachtoffers. Op het eiland zijn veel gedenktekens aan deze slag te vinden.

Waarschijnlijk hebben Mussolini en Hitler de Grieken ernstig onderschat toen ze het land binnenvielen en hebben ze zich nog wel eens achter de oren gekrabd. Eenmaal in Duits/Italiaanse handen, bleef het Griekse verzet groeien en maakte men het de bezetters, vooral op de eilanden, behoorlijk lastig. Dat neemt niet weg dat er een groot aantal Grieken tijdens de Tweede Wereldoorlog is omgekomen. Ook is het merendeel van de Joodse bevolking rond Thessaloniki afgevoerd naar concentratie- en vernietigingskampen.

In 1944 hielden de Duitsers het voor gezien in Griekenland, maar op verschillende eilanden, ondermeer op Kreta, bleven ze tot de capitulatie in 1945 stand houden. Italië bleef tot 1947 de Dodekanesos (met Kos en Rhodos) overheersen. In dat jaar krijgt Griekenland de vorm die het nu nog steeds heeft.