Over de leeftijd van Malindi bestaan vele theorieën, waarvan er slechts weinige op geschiedkundige feiten berusten. Uit opgravingen is gebleken dat Malindi in elk geval al voor de komst van de Portugezen werd bewoond, de eerste schriftelijke mededeling daaromtrent dateert uit de 11e eeuw. Dat geschrift refereert aan een kroniek uit de Chinese geschiedschrijving. De samensteller ervan overleed in 863 en er wordt melding gemaakt over een land van zwarte barbaren dat Malin genoemd werd. Er is veel te zeggen over de theorie dat hiermee Malindi bedoeld wordt, maar zekerheid daaromtrent heeft men nooit gekregen. Latere Chinese zeevaarders brachten ook bezoeken aan het land en uit hun verslagen blijkt dat de oorspronkelijke geschriften best eens op waarheid zouden kunnen berusten. In elk geval bestond Malindi al aan het begin van de 14e eeuw. Arabische schrijvers en vondsten gedaan tijdens opgravingen bevestigen dat.

De echte geschiedenis begint op 7 april 1498 toen Vasco da Gama in Malindi voet aan wal zette. Hij had geprobeerd om in Mombasa aan land te komen maar om begrijpelijke redenen had men het daar niet zo op Portugezen. Hij koerste dus verder noordwaarts en vond in Malindi een warm onthaal. Ook dat laat zich verklaren: de betrekkingen tussen Mombasa en Malindi waren uiterst gespannen. In die tijd woonden er ongeveer 6000 mensen in en om Malindi. Uiteindelijk moest Malindi het hoofd buigen voor Mombasa waar een fort werd aangelegd dat een veel betere bescherming bood aan handelsvloten, die de open haven van Malindi vanaf die tijd dan ook links lieten liggen. Malindi raakte in verval en over de periode tussen 1668 en 1861 is er maar weinig over de geschiedenis van Malindi bekend.

In de 17e eeuw trok het Gallavolk plunderend langs de Keniaanse kust en vernielde alles wat op zijn weg kwam van Lamu tot aan Mombasa. Het eiland Lamu werd overigens met rust gelaten, de Galla’s stonden niet bekend vanwege hun zeevaarderscapaciteiten. Veel bewoners van de kuststrook sloegen op de vlucht en de Galla’s vestigden zich op de ruïnes van de plaatsen die ze hadden geplunderd. Het was in 1861 dat sultan Majid de omgeving van Malindi aanwees als opslagplaats voor goederen die voor Zanzibar bestemd waren. Vanaf die tijd ging het stukken beter met de stad. De sultan bracht een duizendtal slaven naar de stad die gehuisvest moesten worden en het inwoneraantal groeide al snel tot meer dan 10.000.

Er ontstond een grote slavenmarkt wat de Britten weer aantrok die de stad belegerden in hun pogingen de slavernij de kop in te drukken. Vele huizen werden verwoest, hoofdzakelijk die waarin slaven gehuisvest waren. Nadat in 1890 alle slaven hun vrijheid hadden gekregen ontkwam Malindi niet aan een nieuwe economische crisis. De land- en tuinbouw waarop de stad floreerde was vrijwel geheel afhankelijk van slavenarbeid. De meeste slaven trokken weg uit het gebied, ze weigerden in loondienst te treden bij hun vroegere eigenaren. In 1903 werd Malindi officieel een stad, maar het inwoneraantal bleef teruglopen.

Rond 1910 telde de stad nog nauwelijks 1000 inwoners. Pas in de jaren dertig van de 20e eeuw kreeg Malindi nieuwe impulsen dankzij het toerisme. De eerste hotels werden geopend en zelfs Ernest Hemingway gebruikte Malindi enkele malen als uitvalshaven. Zijn enthousiasme over de streek had een aanzuigende werking. Direct na de Tweede Wereldoorlog, waar Malindi slechts zijdelings mee te maken kreeg, ging het snel bergopwaarts met het toerisme. Thans is de stad voor velen een aantrekkelijke, bijna mondaine badplaats, voorzien van alles wat de moderne toerist in zijn vakantie verwacht.

Het Malindi Marine N.P. maakt Malindi voor velen extra aantrekkelijk. U kunt er vanuit een glasbodemboot genieten van de wondere onderwaterwereld, maar het is ook mogelijk om er te duiken en te snorkelen.

Het Vasco da Gamakruis, even buiten Malindi herinnert aan de vroegste zeevaarder van betekenis die hier voet aan wal zette. Het kruis wordt ook wel aangeduid met het Portugese woord Padrao. Het kruis is vervaardigd van Portugese kalksteen en is voorzien van het wapen van Portugal. Het werd door Vasco da Gama in 1499 nabij het paleis van de sjeik neergezet. Die was daar niet blij mee, hij zag het als een teken van een oprukkend christendom. Het kruis verdween derhalve en kwam een eeuw later weer tevoorschijn. Aan het einde van de 16e eeuw werd het op de huidige plaats gezet en het zou al lang vergaan zijn als een Britse kapitein het in 1873 niet voorzien zou hebben van een betonnen voet. Als gevolg daarvan is het kruis een van de oudste Europese monumenten in Oost-Afrika.

Op weg naar het kruis passeert u de Portugese kapel die er in het midden van de 16e eeuw werd gebouwd. De kapel is bijzonder omdat er in 1933 oude muurschilderingen werden ontdekt waaronder een voorstelling van de kruisiging van Christus. Het schilderwerk was door een dikke pleisterlaag afgedekt en men zag in die tijd geen kans om het te restaureren en het werd dus opnieuw met een pleisterlaag bedekt.